臨済宗妙心寺派。山号=慈雲山。本尊=釈迦如来、十一面千手千眼観自在菩薩。

　1390(明徳元)年、設巌が開山となり、建長寺派として創建された。

　その後荒廃した。

　1561(永禄4)年に管領･細川晴元が出家して隠棲した。庭園の西側に宝篋印塔(晴元の墓)がある。この頃は普門寺城とよばれており、これが中興である。

　1566(永禄9)年、足利義栄がここで宣下式を行い、14代将軍となった。

　1604(慶長9)年、に妙心寺派に移り、龍安寺の末寺となった。

　1617(元和3)年、師の後を継いだ龍渓性潜が9代住持となった。

　隠元は1655(明暦元)年、妙心寺元住持･龍渓の懇請により普門寺に入った。その時、普門寺は黄檗宗に改宗した。隠元は1661(寛文元)年に萬福寺(京都)の住持となったが、1663(寛文3)年の祝国開堂までの約7年半は普門寺に住した。隠元は幕府や妙心寺からの圧力により寺からの外出を禁じられ、寺内の会衆も200人以内に制限されていた。それでも、後水尾法王や多くの僧が集まり、仏殿、鐘堂、石庭などが整備された。

　龍渓は1661(寛文元)年頃、慶瑞寺(大阪)に移り、隠元は1663(寛文3)年に萬福寺に移った。その結果、普門寺は再び臨済宗妙心寺派に復帰した。

　三輪神社や本照寺も境内であったが、明治時代の廃仏毀釈で寺地や諸堂を失った。妙心寺派に復帰してから昭和初期までは龍安寺の輪番所であり、専任住持も置かれずに荒廃した。その後再興され、1977(昭和52)年には方丈が国の重要文化財に、1981(昭和56)年には庭園が名勝の指定を受けた。

　隠元は萬福寺の住持を3年間努めた後隠棲しており、日本で住持として一番長く過ごしたのがここ普門寺である。

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 方丈（本堂）＝国の重要文化財

　永禄気に建築され、1621(元和7)年、に現在の地に移築した。柿葺き(こけらぶき)の屋根が美しい。

　1977(昭和52)年、国の重要文化財に指定された。

　1982(昭和57)年、2年かけて全解体・修理された。瓦葺から杮葺に戻すなど創建当時に復元された。

　25年に1度程度、杮葺屋根の葺き替えを実施する。2008(平成10)年に復元後初めての葺き替えが行われた。

　山水・竹雀図襖絵は1645(正保2)年頃、狩野安信によって描かれた水墨画である。欠損していた襖には南画の大家･直原玉青の「淀川右岸天王山鵜殿前島菖景」が描かれてる。

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 観音補陀落山の庭＝国の名勝

　阿武山を借景にした池泉式枯山水庭園である。京都･桂離宮･天の橋立と同時期に玉淵(ぎょくえん)が作庭した。低い所を水面、やや小高い所を岸または島にみたて、要所に石を組み、石橋を架している。

　1981(昭和56)年に国の名勝に指定された。

　2000(平成12)年、方丈や山門、毘沙門堂（旧行者堂）、隠元隆琦作と伝えられる黄檗式石畳、普門寺城の遺構とみられる土塁等も庭園の景観に係わるものとして名勝に追加指定された。

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